Subauditorat Sulawesi Utara II membawahi 8 (delapan) wilayah pemeriksaan, yaitu Kota Bitung, Kota Tomohon, Kota Kotamobagu, Kabupaten Minahasa Selatan, Kabupaten Bolaang Mongondow, Kabupaten Bolaang Mongondow Selatan, Kabupaten Bolaang Mongondow Utara, dan Kabupaten Kepulauan Talaud serta BUMD dan lembaga terkait di lingkungan entitas de ngan menjalankan tugas pokok sebagai berikut:
a. merumuskan rencana kegiatan;
b. mengusulkan tim pemeriksa;
c. melakukan pemerolehan keyakinan mutu hasil pemeriksaan;
d. mengompilasi hasil pemantauan penyelesaian kerugian negara;
e. menyusun bahan penjelasan kepada Pemerintah Daerah dan DPRD tentang hasil pemeriksaan;
f. mengevaluasi kegiatan pemeriksaan yang dilaksanakan oleh Pemeriksa BPK, pemeriksa yang bekerja untuk dan atas nama BPK, dan akuntan publik berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan;
g. mengompilasi dan mengevaluasi hasil pemeriksaan dalam rangka penyusunan Sumbangan IHPS, baik yang pemeriksaannya dilaksanakan oleh Pemeriksa BPK maupun oleh pemeriksa yang bekerja untuk dan atas nama BPK;
h. melakukan pembahasan tindak lanjut hasil pemeriksaan dengan aparat pengawasan internal pada entitas terperiksa;
i. memantau pelaksanaan tindak lanjut hasil pemeriksaan;
j. menyiapkan bahan perumusan pendapat BPK yang akan disampaikan kepada pemangku kepentingan yang diperlukan karena sifat pekerjaannya;
k. melakukan pemutakhiran data pada aplikasi SMP dan DEP; dan
l. menyiapkan bahan penyusunan Laporan Akuntabilitas Kinerja BPK Perwakilan Provinsi Sulawesi Utara.
